secondo me ti conviene prima di tutto "risolvere" la questione del vCenter fisico e delle chiavi USB: se riesci a liberarti di quel vincolo lo stesso vCenter non sarà più critico come ti appare ora.
Soprattutto il "bilanciare il carico" del backup fra i due vCenter, come ti ha detto Luca, avviene già naturalmente, in quanto il grosso del lavoro lo fanno gli host, non il vCenter.
Curiosità: il vCenter adesso è Windows? Il DB dove l'avete?